ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2552 กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ เป็นกองบังคับการหรือส่วนราชการที่เรียกชื่ออย่างอื่น ในสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2552 แบ่งส่วนราชการสำนักงาน ตรวจคนเข้าเมือง ใหม่ซึ่งมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 7 กันยายน พ.ศ.2552 เป็นต้นไป และคำสั่งสำนักงาน ตรวจคนเข้าเมือง ที่  428-429/2552 ลงวันที่ 7 กันยายน พ.ศ.2552 แต่งตั้ง ข้าราชการตำรวจให้ดำรงตำแหน่งต่างๆ ในส่วนราชการใหม่ ทั้งนี้ตั้งแต่วันที่ 7 กันยายน พ.ศ.2552 เป็นต้นไป จึงใช้ ชื่อว่าตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดเชียงราย โดยรับผิดชอบพื้นที่ในจังหวัดเชียงรายและจังหวัดพะเยา ด่านที่อยู่ในปกครองได้แก่ ด่าน ตม.แม่สาย, ด่าน ตม.เชียงแสน, ด่าน ตม.เชียงของ และทอ.แม่ฟ้าหลวงเชียงราย

ด่านตรวจคนเข้าเมืองแม่สาย ไม่ปรากฏว่าตั้งขึ้นเมื่อใด เท่าที่ทราบประมาณปี พ.ศ.2480 ใช้ชื่อว่า “ด่านตรวจคนเข้าเมืองแม่จัน” ตั้งอยู่ ณ ต.แม่จัน อ.แม่จัน จ.เชียงราย ต่อมาปี พ.ศ.2508 กองตรวจคนเข้าเมืองได้ปรับโครงสร้างครั้งที่ 1 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย พ.ศ.2508 หลังจากนั้น  ในปี พ.ศ.2521 ได้ยกฐานะเป็นด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัด มีตำแหน่ง สว.เป็นหัวหน้าด่าน โดยใช้ชื่อ“ด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดเชียงราย ” ตั้งอยู่ ณ เลขที่ 117 หมู่ 10 ต.เวียงพางคำ อ.แม่สาย จ.เชียงราย จนกระทั่ง ในปี พ.ศ.2536 กองตรวจคนเข้าเมืองได้ปรับโครงสร้างครั้งที่ 2 ตามพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ 22) พ.ศ.2536 ได้ยกฐานะเป็นราชการบริหารส่วนกลาง มี ผกก. เป็นหัวหน้าด่าน ตั้งอยู่ ณ เลขที่ 117 หมู่ 10 ต.เวียงพางคำ อ.แม่สาย จ.เชียงราย ปี พ.ศ 2548 สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองได้ปรับโครงสร้างครั้งที่ 3 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วน ราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2548 ด่านตรวจคนเข้าเมืองแม่สาย ขึ้นอยู่กับศูนย์ตรวจคนเข้าเมืองภาคเหนือ ใช้ชื่อ“ด่านตรวจคนเข้าเมืองแม่สาย” ตั้งอยู่ ณ เลขที่ 117 หมู่ 10 ต.เวียงพางคำอ.แม่สาย จ.เชียงราย